Kayatsuri Blog

12/05/2009

8弦ギターでヴァイス

Filed under: 音楽・ギター — 蚊帳吊りウサギ @ 09:45 pm

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練習してますが、苦戦しています。なんと言っても、弦が多いです。このギターを手に入れた当初の計画では、調弦は上からAEBGDAEA。つまり、通常の6弦を上と下から二本のA線ではさむ予定だったのですが、このアイデアは一曲録音しただけで却下されました。どうしても、通常のギターの音に慣れた耳には、細い高音側A線の音がやせて貧弱に聞こえますし、それよりも何よりも、6弦ギターとの持ち替えが難しくて、8弦しか弾けなくなってしまうのに閉口したというのが、頓挫の主な理由です。それなりのメリットは十分にあったので、ちょっと残念ではあるのですけれど。

今は、上からEBGDAEDAとしてあります。なんだか、中途半端なチューニングですが、これでバロックリュートの最低音のAまで届きますし、EDAが開放弦なのは、ホ短調の曲の演奏にはとっても便利です。というわけで、今回のお題は、ヴァイスの組曲から、スミス・クローフォードの番号で21番。ロンドン写本の番号で言えば、121から131のFマイナの組曲をEマイナに移したものです。この曲を選んだのは、好きな曲だからというのはもちろんのことですが、もうひとつには、デイビッド・タネンバウムの6弦ギターによるとても良い録音があるからなんです。8弦で一工夫すれば、どんな風になるかなあ、と思うのですが、何とか形にするのには、いましばらくかかりそうです。

30/04/2009

GAMESS並列計算のその後

Filed under: 日々のこと, がん・創薬 — 蚊帳吊りウサギ @ 09:37 pm

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なんだかんだで、GAMESSという分子の電子状態を計算するソフトをいじくることに、ほとんどのエネルギーを吸いとられていた過去数ヶ月でありましたが、かなり煮詰まりました。メモリ量の問題から32ビットのウィンドウズに見切りをつけたのが昨年の暮れのこと。その後、新しいパソコンにリナックス(64ビット版Fedora10)をセットアップし、GAMESSをコンパイルしてインストール。SMP環境で4CPUコア並列計算が安定して走るようになったのが今年の一月半ば。さらに、二月には、何を血迷ったか、壊れて動かなくなっていた女房の古いPCにパーツを足して再生し、既存のリナックスマシンとつなげて、2ノードのリナックスクラスタに仕立てるということを始めてしまいました。筆舌に尽くしがたい(ちょっと大げさか)悪戦苦闘を強いられ、縁もゆかりもない人にまで多大な迷惑をかけた結果、ついに一週間ほど前、安定運用にこぎつけました。

写真が、そのDIYリナックスクラスタの勇姿であります。3台のPCがあって、一見、3ノードのクラスタのようですが、真中のマシンは汎用ウィンドウズ機で、メールやウェブの閲覧、デジカメ画像の加工、ギターの録音などに使っています。これは一種のウィンドウズファイルサーバになっていまして、Sambaでリナックスマシンとつながっています。黒いのがマスタノード。これが、NFS、NISサーバで、左端の小さいほうのクライアントノードとの間で、ユーザのホームダイレクトリ、GAMESSのインストールされている/optなどを共有しています。CPU・RAMはマスタがQ6600・8GB、クライアントがQ9650・4GB。それぞれ、1TBのスクラッチ専用ディスクを持っています。ちょっと世間の常識では信じられないかもしれませんが、これでもメモリが不足する場合があるので、それぞれのノードに、知るひとぞ知るインテルの高速ssd、X-25Eの32GBを載せて、全容量をswap領域(仮想メモリ)に設定してあります。一種のRAMディスクですね。これを通常のハードディスクでやろうとすると、I/Oが遅すぎてジョブがとまります。ノード間の通信は、ギガビットのイーサネット。マスタだけでなくクライアントからも、SNATでマスタをルータとしてインターネットにつながるようにしました。小さいながらも、立派な2ノード8CPUコアのクラスタです。

ちなみに会社で使っているクラスタは、32ビットのものが17ノード、34コア。64ビットのものが、20ノード、80コアですので、まったく比べ物になりませんが、それでもハードに工夫をしただけのことはあって、ベンチマークをとってみると、自作クラスタは会社のクラスタに比べてcpuコアあたり1.5倍程度の処理能力を持っているようです。まあ、この程度のDIYマシンでも一昔前のスーパーコンピュータ並みの演算能力があるわけですから、IT技術の進歩のスピードには驚くばかりです。

今回の作業の成果といえば、気兼ねなしに使える自分専用のリナックスクラスタが手に入ったことはもちろんですが、セットアップの過程を通して、リナックス・ユニックス環境にかなり慣れたことでしょう。科学技術計算(プログラム開発)のための環境としては、リナックスがウィンドウズに比べて圧倒的に優勢な理由がようやく飲み込めたところです。私自身は、まだまだ初心者の域を出ないのですけれど。

21/03/2009

新録音

Filed under: 音楽・ギター — 蚊帳吊りウサギ @ 04:20 pm

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ようやくのことで、昨年の夏ころから手がけていた曲をアップしました。いや、情けない。多忙というよりは、心に音楽をする余裕がないんですね。曲の詳細は、いつものように宅録日記に。

どうも、今年の目標は、何を弾くとかいうよりは、ギターをやめないことかな・・・。それでも、毎日練習してます。

22/02/2009

なぜ?

Filed under: 日々のこと — 蚊帳吊りウサギ @ 10:03 pm

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「なぜ」という言葉は不思議です。昔からそう思っていました。「なぜ」には、まったく意味の異なった二つの用法があるにもかかわらず、何の断りもなく、どちらの場合にも、同じ「なぜ」が使われるからです。もう少し突っ込んで言えば、同じ「なぜ」が使われるがゆえに、まったく質の異なった問いが、あたかも本質的に同じ種類の問いであるかのような誤解を、言葉を使うもの、つまり、私たちに与えているように思われます。具体的には、二種類の異なった用法とは、次のようなものです。

用法1
「なぜおまえは、無銭飲食なんかしたんだ?」
「いや、あんまり腹が減っていたもので、、つい、、、」

用法2
「なぜ、りんごは木から落ちるのか?」
「りんごと地球の間に万有引力が働くからである」

お分かりでしょうか。用法1は、意識や感情を持つものに対して、ある言動を取るに至った成り行きを問うものです。一方、用法2では、意識とは無縁の無生物に起こる現象について、その現象の背後にある物理法則は何か、ということをたずねています。私も、もちろん、日常的に用法2の「なぜ」を使います。会社で実験データを見ながら、「なぜ、こんな結果になったんだろう」と、悩まない日はありません。用法1の「なぜ」とは違った、用法2専用の「なぜ」に相当する言葉があったらなあ、と思うことも多いのですが、ほかに言葉がないので仕方なく使っています。仕方なく使っているうちに、自分がいま使った「なぜ」は、どちらの「なぜ」だったのか、自分でもわからなくなったりして、いかにも気持ちが悪いのです。

自然現象に「なぜ」を持ち込むのは、ある意味で自然の擬人化です。決して悪いことではありませんが、よほど注意していないと、知らず知らずのうちに落とし穴にはまります。他人を落とし穴にはめようと、あえて用法2をセンセーショナルに使うことも頻繁におこなわれます。「なぜ、生物は進化するのか」なんて、よく聞くフレーズです。

自然の中に何らかの意思を見出そうとするのは、人間の本質、いわば、本能だとおもいます。宗教の成立が、このことと深くかかわっていることには、疑いの余地がありません。ヒトは群れを作って生きる社会的な動物ですから、群れの構成メンバーの行動からその意思を読み取って、そのつど適切な対応を取ることが生存のためには不可欠です。考えてみれば、ヒトは、その昔、サルだったころから、長い進化の過程でこの能力をひたすらに磨き上げてきたました。夫の浮気をかぎつける妻の臭覚などは、ほとんど超能力といっても良いレベルに達していることがあります(あるそうです)。ん、ちょっと脈絡ないかな・・・。まあ、そういうわけで、その優れた能力を勢いあまって適用範囲外の無生物にまで適用してしまうのも、無理からぬことなのかもしれません。

26/01/2009

本を書きました

Filed under: がん・創薬 — 蚊帳吊りウサギ @ 09:26 pm

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といったって、 この本の中の章のひとつを、同僚と分担して担当しただけですので、実際に私が書いた分量は、たかが知れていますけれど。おかげで、JohnWeily社からは、生涯執筆者割引の権利をいただきまして、今後、Weilyの本なら何でも20%引きで買うことが出来ることになりました。なんだか、すごく得した気分です。

アマゾンに在庫がありますので、興味のある方はどうぞ、お買い上げください、といいたいところですが、こんな本、自腹を切って買う人は、めったにいませんね。いくら専門書は高いといっても、ひどい値段です。

14/01/2009

明けましておめでとうございます

Filed under: 日々のこと — 蚊帳吊りウサギ @ 09:25 pm

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いや、下手をしたらそろそろ2月になるのですけれど・・・新年早々、はげしく出遅れております。何とか生きていますが、公私にわたるあまりのドタバタのおかげで、新年はイギリスから日本に向かう日航機上で向かえる羽目になったくらいです。 それにしても、「梅、犬、自動車」くらいは覚えていてほしかったのになあ・・・と書けば、わかる人には、わかるかな。

新曲、仕上がっているのですが、そんなわけでいつになったら録音できることやら。2009年が、皆さんにとって良い年になりますように。

09/12/2008

GAMESS

Filed under: がん・創薬 — 蚊帳吊りウサギ @ 09:07 pm

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さて、並列計算のその後ですが、いろいろとGAMESSのマニュアルを読んで、並列計算の際のメモリの割あて方を調べてゆくと、MWORDで規定されるreplicated dataとMEMDDIで規定されるdistributed dataを、実装メモリの量と照らし合わせて適当な値に設定すれば、私のパソコンでもかなりのレベルの計算が実行できるらしいことがわかってきました。約400原子、20フラグメントほどの規模のMP2、6-31G**(3周期のの原子には3df)、FMO一点エネルギー計算がCPUタイム、20時間くらいで終了します。正直、感動しました。

で、もう少し大きな規模の計算を、もう少し速く 、、、というわけで、たいした考えもなく、先日帰国した時に、梅田のヨドバシカメラで、1GBのSDRAMを二枚買ってきまして、マザーボードリミットの4GBまで、RAMを増設してみました。ところで、やってしまってから気づいたことですが、32ビット版のXPが扱える理論上の最大メモリ量は4GBなんですね。2の32乗ということなんでしょうけど。で、パソコンを起動して、セットアップで物理メモリ量を確認すると、確かに4GBになっています。しかし、ウィンドウズ起動後にタスクマネジャで調べてみると、3.25GBまでしか認識されていません。どうもこれは、ウィンドウズの限界のようで、グラフィクスやらシステム関連のなにやらにメモリを食われて、4GB全部を使うことはできないようなのです。

さらに調べてゆくと、ウィンドウズというのは、デフォルトでは、ユーザとシステムに仮想メモリ領域を2GBづつ割り付ける、つまり、普通は実装4GBから3GB程度まで目減りしたメモリのうちの、たった2GBしかアプリケーション用に割り当てられないというこのなのです。え~、そんなバカな。これじゃあ、詐欺みたいな話です。しかし、なんのこれしき。さらに調べてみると、これを回避する方法がないわけではなくて、boot.iniを編集して、/3GBスイッチを入れておけば、ユーザ3GB、システム1GBの比で、メモリを割り付けることが出来るんだそうです。結局、私は、/3GBスイッチに加えて、/userva=2900を指定して、メモリ領域の比を2.9:1.1としました。

でもねえ、なんだか変なんですよねえ。計算が走っているときに、タスクマネジャでじっくり観察していると、物理メモリ3405920KBに対して、使用可能メモリが2835000KB、これではほとんど全部あまっています。実際に使われているのは、数百MBくらいでしょうか。でも、コミットチャージを見ると、しっかり7GBを越えています。それもそのはず、ページファイル(PF、仮想メモリ)が7.02GBも使われているんです。まあ、そもそも、PFをこれくらい大きくとらないと、ジョブが走らないのですが。なんで、こうなるんだろう?

写真は、トミーのコンサートのあった、JounalTyneTheater の桟敷席を見上げたところ。

02/12/2008

トミー・エマニュエル

Filed under: 音楽・ギター — 蚊帳吊りウサギ @ 09:39 pm

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この週末は、オックスフォードから北へ、車を走らせること4時間(約450キロ)ほど、北イングランドの街、ニューカッスルで、トミー・エマニュエルのコンサートを聴いてきました。ちょうど一年程前、プラハで聞き逃して以来、念願の生トミーです。写真は、会場の The Journal Tyne Theater という劇場です。

トミー・エマニュエルについては、いまさら、ああだ、こうだ、と書くこと自体がばかばかしく思えるほどです。このあたりのことは、アンジェリーナを録音したときの宅録日記に、ばかばかしくも、少し書いておきました。

パコ・デ・ルシアの演奏を間近に聞いたときは、「魔物がギターを弾いている」という印象を受けたものですが、トミーには、そんな特別なオーラのようなものは一切ありませんでした。ただのおっさんが、機嫌よさそうにギターを抱えてステージに現れて、鼻歌交じりに、機嫌よくギターを弾いて帰っていった・・・思い出してみれば、ただそれだけのことでした。ただ、ほんの少しだけ、今回の体験が、今まで聞いたどんなプレイヤーの演奏とも違っていたのは、彼のギターから出てきた音の一つ一つが、ただもう、奇跡としか言いようのなかったことです。

ありえないものを見た、そして聴いた、週末でありました。

25/10/2008

パラレル・コンピューティング

Filed under: 日々のこと — 蚊帳吊りウサギ @ 09:18 pm

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パラレル・コンピューティングというのは、日本語では並列計算というんでしょうか。要するに、ひとつの計算をいくつかの作業部分に分割し、それを複数のCPU上で同時に走らせて計算速度を上げることです。パラレル・コンピューティングというと、普通は、たくさんのパソコンをネットワークでつなげたPCクラスタが思い浮かびますが、最近では一台のPCでも並列作業が可能です。CPUの高速化にも既存の技術では限界が見えてきたところで、インテルやAMDのCPUは軒並み複数のCPUコアを持ったマルチコアタイプになってきたからですね。おかげで、タンパク質・薬物複合体などの、原子数が1000を越えるような大きなシステムのab initio法による量子力学計算が、なんとか、普通の家庭用PCの射程距離内に入ってきました。

Ab initio(アビニシオと読みます)のことは、まあ、また改めて書くとして、宅録日記に書いたように、最近、新しいPCを手に入れまして、ネットからフリーでダウンロードできるGAMESSという量子力学計算ソフトを、夜な夜な、ゴソゴソと動かしています。新しいPCのスペックは、Core2-quad 、2GB RAM、500GB Hard Driveですから、特に高性能のPCというわけでもありません。OSは、ビスタが入っていたのをXPに入れ替えました。

それにしても、こういう特殊なソフトを走るようにするのは、結構大変な作業です。いろいろなところから、いろいろなものをダウンロードしてきては、作業環境を整備して、ようやくテストインプットが走るようになったと思っても、いざ自分のジョブとなると、データの書式や、キーワードの使い方が今ひとつ良くわからなかったりで、エラーと異常終了の山を築いていました。

特に、この一週間ほどずっと悩んでいたのが、どうやったらCore2-quadの4つのCPUを同時に使った、並列計算ができるのかということだったのです。どうやっても、ひとつのCPUしか動かすことができず、せっかくのマルチコアも宝の持ち腐れ状態。それが、昨日の夜、執念のグーグルサーチが奏効して、バッチファイルの設定を少しいじるだけでOKだということを発見しました。計算化学のベテランから見れば、まあ、なんともレベルの低い話なんでしょうけれども、こちらは初心者ですから、実に、単純にうれしいわけです。

というわけで、4つのCPUがほぼフラットアウトに動いている状態での、タスクマネジャのスクリーンショットを大公開したいと思います。ああ、うれしいなあ。ちなみに、このジョブは、かれこれ6時間ほど動いていますが、一向に終了する気配がありません。ベンチマークから類推するに、予想計算時間は、24-48時間の予定なのですが、さて、どうなりますか。

11/10/2008

新録音

Filed under: 音楽・ギター — 蚊帳吊りウサギ @ 10:15 pm

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確率の話はほどほどにして、今日は、新録音アップのご連絡です。

「芸の幅を広げる」シリーズの本命は、次回の予定ですので、今回はちょっと、お茶を濁した感がありますが、といって、それほどやさしい曲でもありませんでした。ハーモニクスがねえ・・・・鳴らしきれないんですよねえ。

詳細は、宅録日記に。

写真は、小樽の水族館でお目にかかったカメ君です。

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