Kayatsuri Blog

パラレル・コンピューティングというのは、日本語では並列計算というんでしょうか。要するに、ひとつの計算をいくつかの作業部分に分割し、それを複数のＣＰＵ上で同時に走らせて計算速度を上げることです。パラレル・コンピューティングというと、普通は、たくさんのパソコンをネットワークでつなげたＰＣクラスタが思い浮かびますが、最近では一台のＰＣでも並列作業が可能です。ＣＰＵの高速化にも既存の技術では限界が見えてきたところで、インテルやＡＭＤのＣＰＵは軒並み複数のＣＰＵコアを持ったマルチコアタイプになってきたからですね。おかげで、タンパク質・薬物複合体などの、原子数が１０００を越えるような大きなシステムのab initio法による量子力学計算が、なんとか、普通の家庭用ＰＣの射程距離内に入ってきました。

Ａb initio（アビニシオと読みます）のことは、まあ、また改めて書くとして、宅録日記に書いたように、最近、新しいＰＣを手に入れまして、ネットからフリーでダウンロードできるGAMESSという量子力学計算ソフトを、夜な夜な、ゴソゴソと動かしています。新しいＰＣのスペックは、Core2-quad 、2GB RAM、500GB Hard Driveですから、特に高性能のＰＣというわけでもありません。OSは、ビスタが入っていたのをXPに入れ替えました。

それにしても、こういう特殊なソフトを走るようにするのは、結構大変な作業です。いろいろなところから、いろいろなものをダウンロードしてきては、作業環境を整備して、ようやくテストインプットが走るようになったと思っても、いざ自分のジョブとなると、データの書式や、キーワードの使い方が今ひとつ良くわからなかったりで、エラーと異常終了の山を築いていました。

特に、この一週間ほどずっと悩んでいたのが、どうやったらCore2-quadの４つのＣＰＵを同時に使った、並列計算ができるのかということだったのです。どうやっても、ひとつのＣＰＵしか動かすことができず、せっかくのマルチコアも宝の持ち腐れ状態。それが、昨日の夜、執念のグーグルサーチが奏効して、バッチファイルの設定を少しいじるだけでＯＫだということを発見しました。計算化学のベテランから見れば、まあ、なんともレベルの低い話なんでしょうけれども、こちらは初心者ですから、実に、単純にうれしいわけです。

というわけで、４つのＣＰＵがほぼフラットアウトに動いている状態での、タスクマネジャのスクリーンショットを大公開したいと思います。ああ、うれしいなあ。ちなみに、このジョブは、かれこれ６時間ほど動いていますが、一向に終了する気配がありません。ベンチマークから類推するに、予想計算時間は、２４－４８時間の予定なのですが、さて、どうなりますか。